プロファイルで配付したWebクリップを端末側で削除してしまいました。再度表示させることはできますか？

プロファイルを再インストールすることで再度表示可能です。
iOS/iPadOSの仕様上、プロファイルで配付したWebクリップのアイコンをホーム画面上から削除してしまうと、プロファイルを再インストールするまでで再表示は不可能です。
特定のデバイスにのみプロファイルを配付する方法を以下にご案内致します。

該当のデバイスに割り当てているテンプレートの詳細画面を開き「テンプレートをコピー」ボタンからテンプレートを複製します。
詳細はこちらをご参照ください。
複製したテンプレートの編集画面にて、Webクリップのプロファイルを割り当て解除します。
複製したテンプレートの編集画面にて、対象のデバイスを割り当てます。
「保存・同期」を押下します。Webクリッププロファイルのアンイストール命令が実行されます。
対象デバイスの詳細画面、同期状態タブにて「＜プロファイル名＞:同期によるアンイストールが必要です」の表示を確認します。
この表示が消えれば、プロファイルのアンイストールが完了したことを確認できます。
アンイストールの完了済みをMDMサーバが確認するには、２回以上の同期が必要な場合もありますので、表示が消えない場合には少し時間をおいて、再度同期を実行します。
また、端末がインターネット未接続の場合も、表示は消えませんので、デバイス情報の「最終アクセス」日時もご確認ください。
対象デバイスの編集画面にて、割当先のテンプレートを元のテンプレートに戻し、「同期・保存」を押下します。

尚、プロファイルのWebクリップペイロード内「削除を許可」のチェックを外すことで
ホーム画面上のWebクリップアイコンの削除禁止も可能です。こちらもご検討ください。

最終更新日 2021年11月9日