「同期進行中」とはどういう状態ですか？

MDMサーバがデバイスとの同期が必要と判断し、次回の自動同期処理時に同期予約したステータスです。
MDMサーバがデバイスと同期が必要と判断するのは次の操作です。

・デバイスをテンプレートに登録した ・デバイスが登録されているテンプレートに「アプリ」、「プロファイル」等が追加／削除された
・デバイスと同じテンプレートに登録されている「アプリ」、「プロファイル」等が編集された
・デバイスが登録されていたテンプレートを他のテンプレートに切り替えた

自動同期によるPUSH送信後、デバイスからの応答があり次第「同期確認中」あるいは「同期完了」へ自動的に遷移します。
サーバからの命令がプロファイルインストールで、かつデバイスがロック中である場合は、デバイスは命令を実行できないためステータスは「同期進行中」のまま変わりません。
デバイスがロックを解除した際の同期状態の遷移はOSのバージョンによって差異があります。iOS5~7では「同期確認中」へ、iOS8~11では「同期完了」となります。