VPPアプリでアプリ内課金はできますか？

アプリの配付方法により異なります。

「デバイス単位」のVPPでは、アプリ内課金は不可です。
「ユーザ単位」のVPPでは、アプリ内課金が可能です。

また、VPPを使用せずアプリを配付した場合には、アプリ内課金が可能です。
この場合と、ユーザ単位のVPPは、アプリ配付において端末側にApple IDサインインが必要です。
※ユーザ単位VPPでは、Apple IDサインインの他、VPPユーザ招待の手順が必要となります。
アプリ内課金による課金対象は、いずれの場合も端末にサインインしているApple IDです。

VPPアプリの「デバイス単位」と「ユーザ単位」の違いについてはFAQをご参照ください。
「デバイス単位」と「ユーザ単位」それぞれの利用方法は「VPPアプリを配付する準備を行う」をご参照ください。

尚、アプリ内課金可能な配付方法にも関わらずアプリ内課金が行えない場合には、プロファイル制限「App内課金を許可」がOFFに設定されていないかご確認ください。