(iOS, Windows)メールアカウントのユーザ名やパスワードなど、デバイス毎に異なる値をプロファイルで設定できますか？

できます。
カスタムプロファイルを利用することで、デバイス毎に異なる値をCSVで指定できます。
その為、１つのプロファイル作成でデバイス毎にそれぞれ異なる値を設定することができます。

カスタムプロファイルの詳細についてはこちらをご参照ください。