デバイスホーム画面のアプリケーション配置を指定することはできますか？

できます。
プロファイル作成画面から、その他の拡張構成 >　ホーム画面レイアウト（監視対象のみ）のプロファイルでアプリケーションの配置を指定することができます。

詳細についてはこちらをご参照ください。