テンプレートに割り当てた１台のデバイスからのみ特定のアプリをアンインストールすることはできますか？

配付するアプリが異なる場合には、テンプレートを分けていただく必要があります。
以下の手順にて割当アプリのみ異なる新規テンプレートを作成します。

1.該当のデバイスに割り当てているテンプレートの詳細画面を開きテンプレートをコピーボタンからテンプレートを複製します。
詳細はこちらをご参照ください。

2.複製したテンプレートの編集画面にて、アンインストールしたいアプリを割り当て解除します。