Android のシングルAppモード中にリモートコントロールを利用できますか？

可能です。
プロファイルの[アプリケーション構成 > デバイスロックに使用するアプリ]に、対象のアプリのパッケージ名（識別子）を設定することで、シングルAppモード中も使用可能となります。
リモートコントロールアプリのパッケージ名はin.bizmo.mdm.remote\_controlです。