ADE（旧DEP）プロファイルの設定アシスタントで`パスコードを設定しない`をチェックした場合、キッティング後もパスコードの設定ができなくなりますか？

設定アシスタントの項目は、端末アクティベーション時の動作にのみ影響します。
パスコードを設定しないとした場合、アクティベーション時にはパスコード設定画面の表示がスキップされますが、アクティベーション後は、パスコード設定/変更は可能です。
アクティベーション後にもパスコード設定を禁止されたい場合には、プロファイル制限にて設定可能です。
プロファイル > 制限 > パスコードの変更を許可（監視対象のみ, iOS 9.0+）
※監視対象（監視モード）端末に対してのみ有効です。

iOS/iPadOSプロファイルの詳細はこちらをご参照ください。